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Whitfield, Anna E.

North Carolina State University

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Additional file 10 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 10. Custom Perl scripts used to compute the number of genes in each category of the phylogenomic analysis of the official gene set shown in Fig. 2a.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.4 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.131085742020

Additional file 10 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 10. Custom Perl scripts used to compute the number of genes in each category of the phylogenomic analysis of the official gene set shown in Fig. 2a.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.3 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.13108574.v12020

Additional file 2 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 2. Workbook of large supplementary tables.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.4 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.131085802020

Additional file 2 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 2. Workbook of large supplementary tables.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.3 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.13108580.v12020

Additional file 3 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 3. Weighted correlation network analysis (WGCNA) modules of co-expressed gene sets of developmental stages.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.4 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.131085832020

Additional file 3 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 3. Weighted correlation network analysis (WGCNA) modules of co-expressed gene sets of developmental stages.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
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  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
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  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
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  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
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  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.13108583.v12020

Additional file 8 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 8. Supporting tables for Orthovenn comparison of innate immunity-associated transcripts in thrips vector species.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
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  • Holmes, Christopher J. ;
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  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
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  • Park, Yoonseong ;
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  • Ullman, Diane E. ;
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  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.131085982020

Additional file 8 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 8. Supporting tables for Orthovenn comparison of innate immunity-associated transcripts in thrips vector species.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.13108598.v12020

Additional file 9 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 9. Supporting tables of RNAseq expression outputs for conserved sex-specific genes in thrips species.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR0.7 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.13108601.v12020

Additional file 9 of Genome-enabled insights into the biology of thrips as crop pests

Additional file 9. Supporting tables of RNAseq expression outputs for conserved sex-specific genes in thrips species.

Authors

  • Rotenberg, Dorith ;
  • Baumann, Aaron A. ;
  • Ben-Mahmoud, Sulley ;
  • Christiaens, Olivier ;
  • Dermauw, Wannes ;
  • Ioannidis, Panagiotis ;
  • Jacobs, Chris G. C. ;
  • Vargas Jentzsch, Iris M. ;
  • Oliver, Jonathan E. ;
  • Poelchau, Monica F. ;
  • Rajarapu, Swapna Priya ;
  • Schneweis, Derek J. ;
  • Snoeck, Simon ;
  • Taning, Clauvis N. T. ;
  • Wei, Dong ;
  • Widana Gamage, Shirani M. K. ;
  • Hughes, Daniel S. T. ;
  • Murali, Shwetha C. ;
  • Bailey, Samuel T. ;
  • Bejerman, Nicolas E. ;
  • Holmes, Christopher J. ;
  • Jennings, Emily C. ;
  • Rosendale, Andrew J. ;
  • Rosselot, Andrew ;
  • Hervey, Kaylee ;
  • Schneweis, Brandi A. ;
  • Cheng, Sammy ;
  • Childers, Christopher ;
  • Simão, Felipe A. ;
  • Dietzgen, Ralf G. ;
  • Chao, Hsu ;
  • Dinh, Huyen ;
  • Doddapaneni, Harsha Vardhan ;
  • Dugan, Shannon ;
  • Han, Yi ;
  • Lee, Sandra L. ;
  • Muzny, Donna M. ;
  • Qu, Jiaxin ;
  • Worley, Kim C. ;
  • Benoit, Joshua B. ;
  • Friedrich, Markus ;
  • Jones, Jeffery W. ;
  • Panfilio, Kristen A. ;
  • Park, Yoonseong ;
  • Robertson, Hugh M. ;
  • Smagghe, Guy ;
  • Ullman, Diane E. ;
  • van der Zee, Maurijn ;
  • Van Leeuwen, Thomas ;
  • Veenstra, Jan A. ;
  • Waterhouse, Robert M. ;
  • Weirauch, Matthew T. ;
  • Werren, John H. ;
  • Whitfield, Anna E. ;
  • Zdobnov, Evgeny M. ;
  • Gibbs, Richard A. ;
  • Richards, Stephen
1 Citation0 Mentions85% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.131086012020