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Lasserre-Zuber, Pauline

INRAE 1095 GDEC

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Datasets

FSOV ExIGE - Evaluation multi-environnementale de blé tendre « exotique » - prédictions génomiques GxE et génétique d’association

RESUME

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions92% FAIR1.0 Dataset Index
10.57745/va8hmvJanuary 2024

ExIGE_all_assoc_signif.txt

Résultats d'associations pour tous les caractères et tous les essais, filtrés au seuil de -log10(pvalue)=6TRIAL : essaiSNP : SNP testéChromosome : Numéro du chromosome portant le SNPPosition : Position physique du SNPPhenotype : Caractère testéPvalue : Pvalue du testQvalue_recalc : Qvalue correspondanteN : effectif du testNullLogLike : Loglike du modèle nulAltLogLike : Loglike du modèle alternatifR2LR : Part de variance expliquée par le SNP (Sun et al., 2010)SNPWeight : Effet du SNPSNPWeightSE : Ecart type de l'effet du SNPWaldStat : Statistique de WaldNullGeneticVar : Variance génétique dans le modèle nulNullResidualVar : Variance résiduelle dans le modèle nulNullBias : intercept du modèle nulGeneticVar : Variance génétique dans le modèle completResidualVar : Variance résiduelle dans le modèle completBias : intercept du modèle completA1 : allèle 1A2 : allèle 2COUNT_HOM_A1 : effectif pour l'allèle 11COUNT_HET : effectif pour l'allèle 12COUNT_HOM_A2 : effectif pour l'allèle 22COUNT_MISSING : effectif avec allèle NA

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR0.9 Dataset Index
10.57745/m4fnnxJanuary 2024

ExIGE_all_assoc.txt

Ensemble des résultats d'associations pour tous les caractères et tous les essaisTRIAL : essaiSNP : SNP testéChromosome : Numéro du chromosome portant le SNPPosition : Position physique du SNPPhenotype : Caractère testéPvalue : Pvalue du testQvalue_recalc : Qvalue correspondanteN : effectif du testNullLogLike : Loglike du modèle nulAltLogLike : Loglike du modèle alternatifR2LR : Part de variance expliquée par le SNP (Sun et al., 2010)SNPWeight : Effet du SNPSNPWeightSE : Ecart type de l'effet du SNPWaldStat : Statistique de WaldNullGeneticVar : Variance génétique dans le modèle nulNullResidualVar : Variance résiduelle dans le modèle nulNullBias : intercept du modèle nulGeneticVar : Variance génétique dans le modèle completResidualVar : Variance résiduelle dans le modèle completBias : intercept du modèle completA1 : allèle 1A2 : allèle 2COUNT_HOM_A1 : effectif pour l'allèle 11COUNT_HET : effectif pour l'allèle 12COUNT_HOM_A2 : effectif pour l'allèle 22COUNT_MISSING : effectif avec allèle NA

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR1.0 Dataset Index
10.57745/j9jw0zJanuary 2024

QTL_table_all.txt

Table des QTL détectés au seuil de -log10(pvalue)=6QTL : nom du QTLTRIAL : nom de l'essai dans lequel le qtl a été détectéTRAIT : nom du caractère associéChromosome : numéro du chromosomeSNP : nom du SNP le plus associé au sein du QTLn_snp : nombre de SNP associés dans le QTLmin_pos : position du premier SNP associémax_pos : position du dernier SNP associéPosition : position du SNP le plus associéPvalue : pvalue du test pour le SNP le plus associéQvalue_recalc : qvalue correspondanteA1 : allèle 1A2 : allèle 2MAF : Minor Allele FrequencyR2LR : Part de Variance expliquée par le SNP le plus associé (Sun et al., 2010)SNPWeight : Effet du SNP le plus associéSNPWeightSE : Ecart type pour l'effet du SNP le plus associé

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR0.9 Dataset Index
10.57745/mfav3lJanuary 2024

pheno_EXIGE_prot_maladies.txt

:unav

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
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10.57745/hlk0dgJanuary 2024

moyennes_ajustees_ExIGE.txt

Moyennes ajustées estimées essai par essai pour tous les caractèresTRIAL : EssaiTRAIT : CaractèreGENOTYPE : Nom de l'accessionERGE : Code accession (CRB INRAE Céréales à Pailles)value : Moyenne ajustéesem : Standard Error of the Mean

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR1.0 Dataset Index
10.57745/ozgw3uJanuary 2024

glu_exige_plink.zip

:unav

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
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10.57745/g6zxs4January 2024

FSOV_journeeScientifique_POSTER_EXIGE_2024.pptx

:unav

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR0.5 Dataset Index
10.57745/fkv2x6January 2024

article_ExIGE_predictions_GxE_2024.docx

:unav

Authors

  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
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10.57745/l6qhhnJanuary 2024

FSOV_journeeScientifique_POSTER_EXIGE_2024.pptx

:unav

Authors

  • Giraudeau, Pascal ;
  • Goudemand-Dugue, Ellen ;
  • Heumez, Emmanuel ;
  • Michelet, Christophe ;
  • Blancon, Justin ;
  • Kitt, Jonathan ;
  • Lasserre-Zuber, Pauline ;
  • Alvarez, David ;
  • Perrochon, Sibille ;
  • Thauvin, Jean-Noel ;
  • Duque, Celine ;
  • Dutriez, Sylvie ;
  • Senellart, Patrice ;
  • Oger, Alexis ;
  • Balfourier, François ;
  • Ravel, Catherine ;
  • Bouchet, Sophie
0 Citations0 Mentions42% FAIR0.5 Dataset Index
10.57745/ld4187January 2024