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Penkman, Kirsty

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Supplementary Data for Cappellini et al., Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny, 2019, Nature.

This data accession contains:1) Genomic BAM files of selected regions in the genomes of extant and extinct rhinoceroses used for protein translation.2) Protein sequence alignment of all considered extant and extinct species, per gene.A description of research design, methods, and results can be found at:https://doi.org/10.1038/s41586-019-1555-y

Authors

  • Cappelini, Enrico ;
  • Welker, Frido ;
  • Pandolfi, Luca ;
  • Jazmín Ramos-Madrigal ;
  • Samodova, Diana ;
  • Rüther, Patrick L. ;
  • Fotakis, Anna K. ;
  • Lyon, David ;
  • J. Víctor Moreno-Mayar ;
  • Bukhsianidze, Maia ;
  • Jersie-Christensen, Rosa Rakownikow ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Ginolhac, Aurélien ;
  • Ferring, Reid ;
  • Tappen, Martha ;
  • Palkopoulou, Eleftheria ;
  • Dickinson, Marc R. ;
  • Stafford, Thomas W. ;
  • Chan, Yvonne L. ;
  • Götherström, Anders ;
  • Senthilvel K. S. S. Nathan ;
  • Heintzman, Peter D. ;
  • Kapp, Joshua D. ;
  • Kirillova, Irina ;
  • Yoshan Moodley ;
  • Agusti, Jordi ;
  • Ralf-Dietrich Kahlke ;
  • Kiladze, Gocha ;
  • Martínez-Navarro, Bienvenido ;
  • Shanlin Liu ;
  • Velasco, Marcela Sandoval ;
  • Mikkel-Holger S. Sinding ;
  • Kelstrup, Christian D. ;
  • Allentoft, Morten E. ;
  • Orlando, Ludovic ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Shapiro, Beth ;
  • Rook, Lorenzo ;
  • Dalén, Love ;
  • M. Thomas P. Gilbert ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Lordkipanidze, David ;
  • Willerslev, Eske
0 Citations0 Mentions13% FAIR0.3 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.7212746.v1January 2019

Supplementary Data for Cappellini et al., Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny, 2019, Nature.

This data accession contains:1) Genomic BAM files of selected regions in the genomes of extant and extinct rhinoceroses used for protein translation.2) Protein sequence alignment of all considered extant and extinct species, per gene.A description of research design, methods, and results can be found at:https://doi.org/10.1038/s41586-019-1555-y

Authors

  • Cappelini, Enrico ;
  • Welker, Frido ;
  • Pandolfi, Luca ;
  • Jazmín Ramos-Madrigal ;
  • Samodova, Diana ;
  • Rüther, Patrick L. ;
  • Fotakis, Anna K. ;
  • Lyon, David ;
  • J. Víctor Moreno-Mayar ;
  • Bukhsianidze, Maia ;
  • Jersie-Christensen, Rosa Rakownikow ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Ginolhac, Aurélien ;
  • Ferring, Reid ;
  • Tappen, Martha ;
  • Palkopoulou, Eleftheria ;
  • Dickinson, Marc R. ;
  • Stafford, Thomas W. ;
  • Chan, Yvonne L. ;
  • Götherström, Anders ;
  • Senthilvel K. S. S. Nathan ;
  • Heintzman, Peter D. ;
  • Kapp, Joshua D. ;
  • Kirillova, Irina ;
  • Yoshan Moodley ;
  • Agusti, Jordi ;
  • Ralf-Dietrich Kahlke ;
  • Kiladze, Gocha ;
  • Martínez-Navarro, Bienvenido ;
  • Shanlin Liu ;
  • Velasco, Marcela Sandoval ;
  • Mikkel-Holger S. Sinding ;
  • Kelstrup, Christian D. ;
  • Allentoft, Morten E. ;
  • Orlando, Ludovic ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Shapiro, Beth ;
  • Rook, Lorenzo ;
  • Dalén, Love ;
  • M. Thomas P. Gilbert ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Lordkipanidze, David ;
  • Willerslev, Eske
0 Citations0 Mentions15% FAIR0.4 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.7212746January 2019

protein_data_MrBayes (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/1January 2019

combined_data_MrBayes (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/2January 2019

protein_mtDNA_morphology_sloths_MRB (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/3January 2019

BEAST_protein_Xenarthra (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/4January 2019

BEAST_combined_data_bradypus_constraint (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/5January 2019

protein_only_xenarthra_beast (Version: 1)

No description available

Authors

  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR1.9 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/6January 2019

combined_protein_mtDNA_xenarthra_bradypus_constraint_beast (Version: 1)

No description available

Authors

  • Forasiepi, Analia M. ;
  • Presslee, Samantha ;
  • Slater, Graham J ;
  • Pujos, Francois ;
  • Fischer, Roman ;
  • Molloy, Kelly ;
  • Mackie, Meaghan ;
  • Olsen, Jesper V. ;
  • Kramarz, Alejandro ;
  • Taglioretti, Matias ;
  • Scaglia, Fernando ;
  • Lezcano, Maximiliano ;
  • Lanata, José Luis ;
  • Southon, John ;
  • Feranec, Robert ;
  • Bloch, Jonathan ;
  • Hajduk, Adam ;
  • Martin, Fabiana M ;
  • Gismondi, Rodolfo S ;
  • Reguero, Marcelo ;
  • De Muizon, Christian ;
  • Greenwood, Alex ;
  • Chait, Brian ;
  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • MacPhee, Ross D. E.
0 Citations0 Mentions77% FAIR0.8 Dataset Index
10.5061/dryad.7dd64gs/7January 2019

Chronology of British aggregates using amino acid racemization and degradation

No description available

Authors

  • Penkman, Kirsty ;
  • Collins, Matthew ;
  • Keen, David ;
  • Preece, Richard
0 Citations0 Mentions13% FAIR0.3 Dataset Index
10.5284/1000393January 2012