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Vorburger, Christoph

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Additional file 10 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 10. Immune gene annotations. Details of immune gene annotation in L. fabarum and A. ervi.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions85% FAIR1.4 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398792January 2020

Additional file 9 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 9. Venom gene annotations. Annotation details of venom genes in L. fabarum and A. ervi.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398870January 2020

Additional file 8 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 8. Ortholog MAtrix (OMA) results. Summary of all Hierarchical Ortholog Groups (HOGs) predicted by OMA, including details of LRR genes.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398867.v1January 2020

Additional file 9 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 9. Venom gene annotations. Annotation details of venom genes in L. fabarum and A. ervi.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398870.v1January 2020

Additional file 8 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 8. Ortholog MAtrix (OMA) results. Summary of all Hierarchical Ortholog Groups (HOGs) predicted by OMA, including details of LRR genes.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398867January 2020

Additional file 7 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 7. Analysis of GC content and expression. Full details of analyses that drew from expression data in both taxa. This file details (a) GC content, carbon, and nitrogen for all predicted genes, (b) the most highly expressed genes in both taxa and (c) full analysis of differential expression between adult and larval L. fabarum, and corresponding comparison of GC content.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398861.v1January 2020

Additional file 7 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 7. Analysis of GC content and expression. Full details of analyses that drew from expression data in both taxa. This file details (a) GC content, carbon, and nitrogen for all predicted genes, (b) the most highly expressed genes in both taxa and (c) full analysis of differential expression between adult and larval L. fabarum, and corresponding comparison of GC content.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398861January 2020

Additional file 6 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 6. Details of CDS used to compare GC content across taxa. Genbank numbers and taxonomic information for genome (CDS) graphed in Supplementary Figure 9, detailing the GC content in predicted genes of other arthropods.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.7 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398858.v1January 2020

Additional file 6 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 6. Details of CDS used to compare GC content across taxa. Genbank numbers and taxonomic information for genome (CDS) graphed in Supplementary Figure 9, detailing the GC content in predicted genes of other arthropods.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398858January 2020

Additional file 5 of Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Additional file 5. Orphan genes in L. fabarum. Fasta file containing the 968 orphan genes identified in the L. fabarum assembly.

Authors

  • Dennis, Alice B. ;
  • Ballesteros, Gabriel I. ;
  • Robin, Stéphanie ;
  • Schrader, Lukas ;
  • Bast, Jens ;
  • Berghöfer, Jan ;
  • Beukeboom, Leo W. ;
  • Belghazi, Maya ;
  • Bretaudeau, Anthony ;
  • Buellesbach, Jan ;
  • Cash, Elizabeth ;
  • Colinet, Dominique ;
  • Dumas, Zoé ;
  • Errbii, Mohammed ;
  • Falabella, Patrizia ;
  • Gatti, Jean-Luc ;
  • Elzemiek Geuverink ;
  • Gibson, Joshua D. ;
  • Hertaeg, Corinne ;
  • Hartmann, Stefanie ;
  • Jacquin-Joly, Emmanuelle ;
  • Lammers, Mark ;
  • Lavandero, Blas I. ;
  • Lindenbaum, Ina ;
  • Massardier-Galata, Lauriane ;
  • Meslin, Camille ;
  • Montagné, Nicolas ;
  • Pak, Nina ;
  • Poirié, Marylène ;
  • Salvia, Rosanna ;
  • Smith, Chris R. ;
  • Tagu, Denis ;
  • Tares, Sophie ;
  • Vogel, Heiko ;
  • Schwander, Tanja ;
  • Jean-Christophe Simon ;
  • Figueroa, Christian C. ;
  • Vorburger, Christoph ;
  • Legeai, Fabrice ;
  • Gadau, Jürgen
1 Citation0 Mentions13% FAIR0.5 Dataset Index
10.6084/m9.figshare.12398849.v1January 2020