METRIN-KG Data

Files associated with MEtabolomes, TRaits, and INteractions-Knowledge Graph (METRIN-KG). Contains input and output files used in mapping taxonomy, metadata, ontology and knowledge graph construction. Associated github repositories are metrin-kg and earth_metabolome_ontologyDirectory structure looks like the following. This directory can be used in combination with the code at the github repo metrin-kg, globi raw data and TRY database raw data.metrin-kg└── metrin-kg-data    ├── case-studies    │   ├── CS1    │   │   ├── CS1_viz.py    │   │   ├── metrin-kg_APlx2T_q1.tsv    │   │   ├── metrin-kg_CAIpHR_q2.tsv    │   │   └── metrin-kg_MptP26_q3.tsv    │   ├── CS2    │   │   ├── CS2_viz.py    │   │   └── metrin-kg_ZVBghY_q4.tsv    │   ├── CS3    │   │   ├── CS3_viz.py    │   │   └── metrin-kg_t49TVV_q5.tsv    │   ├── CS4    │   │   ├── CS4_viz.py    │   │   └── metrin-kg_orF1qY_q6.tsv    │   └── CS5    │       ├── CS5_viz.py    │       ├── metrin-kg_rtvxnd_q7.tsv    │       └── metrin-kg_YEEGSZ_q8.tsv    ├── ontology    │   └── emi.ttl.gz    ├── processed    │   ├── globi    │   │   ├── correctedBiologicalSexNames.tsv    │   │   ├── correctedBodyPartNamesGlobi.csv    │   │   ├── correctedLifeStageNamesGlobi.csv    │   │   ├── mappedBiologicalSexNames.tsv    │   │   ├── unmappedBiologicalSexNames.tsv    │   │   ├── verbatim_mappedBodyPartNamesGlobi.csv    │   │   ├── verbatim_mappedLifeStageNamesGlobi.csv    │   │   ├── verbatim_unmappedBodyPartNamesGlobi_mod.csv    │   │   └── verbatim_unmappedLifeStageNamesGlobi_mod.csv    │   ├── KG    │   │   ├── enpkg-rdf-v4.tar.gz    │   │   ├── examples_METRINKG-v0.1.ttl.gz    │   │   ├── globi_output_w3id_v0.ttl.gz    │   │   ├── taxonomy_output_v0.ttl.gz    │   │   ├── trydb_output_w3id_v0.ttl.gz    │   │   └── void_METRINKG-v0.1.ttl.gz    │   ├── trydb    │   │   ├── EmiMappingToTryDb.txt    │   │   ├── qudtMappingToTryDb_full.txt    │   │   └── qudtMappingToTryDb.txt    │   ├── wdTax_duplicates.txt    │   ├── wdTax_GloBI.txt.gz    │   ├── wdTax_SPARQL_lineage_filtered_aligned.txt.gz    │   ├── wdTax_SPARQL_lineage_filtered.txt.gz    │   ├── wdTax_SPARQL_lineage.txt.gz    │   ├── wdTax_SPARQL.txt.gz    │   └── wdTax_TRYdb.txt.gz    └── raw        ├── enpkg_wd_pfId.csv.gz        └── Try20243712146549_TRY6.0_SpeciesList_TaxonomicHarmonization.csv